Você está viajando na batatinha. O título da publicação é bem claro. Todos os tópicos citados condiz com o tema. Esse papo de "tem que aprender lógica" tá implícito. Bun e Deno é modinha e já caiu no esquecimento, a indústria usa NodeJS.
Não estou viajando, eu te garanto. Lógica na programação não deveria estar implícito, ainda mais quando o título implica em sair do iniciante até o avançado. Não adianta pular passos.
Se você consegue ver isso, parabéns! Outras pessoas podem cair aqui e achar que esta é o mapa mágico para ser rico usando JavaScript.
Bun e Deno não são moda, são apenas pouco adotado por N motivo. A indústria usa em sua grande maioria NodeJS simplesmente por ser caro reescrever o produto inteiro em uma outra ferramenta, e não por NodeJS ser melhor. NodeJS tem história, veio primeiro e por isso é muito adotado.
Novos projetos já adotam alternativas ao NodeJS e Bun é uma delas. A diferença é não são projetos grandes, até porque esses projetos geralmente já estão pronto e migram lentamente. Fechar os olhos para a evolução dessas ferramentas é fatal, mas cada um faz o que quer com sua escolhas.
Enfim, NodeJS é sim muito usado, mas tem problemas(muitos). Novos projetos pode pedir alternativas mais moderna, Deno/ Bun elas provavelmente as requisitadas.