Consegui descobrir o problema Pilati.

O problema realmente era referente os End-of-line. A causa raiz não sei dizer ao certo pois pode haver vários fatores como o próprio resolvedor de conflitos do VS, o merge de branches no Azure, outras pessoas podem usar ferramentas pra formatação de forma local etc...

Por não termos prettier nem eslint em um projeto como esse, um .gitattributes já vai resolver meu problema a longo prazo e o paliativo do momento vai ser usar um git merge <branch_name> -Xignore-space-at-eol