Já expermientou usar o distrobox? Ele permite tudo que o container permite + integração melhor de aplicações graficas do container com o host, por exemplo burp suite que você comentou que já usa no SO base você poderia manter no container e ele iria aparecer normalmente na sua lista de aplicativos. Atualmente tenho usado bastante para separa meu ambiente de desenvolvimento do meu host (estou usando arch linux mas estou com o objetivo de não quebrar ele) então tô usando da mesma forma que se usa um sistema imutavel, sem ficar baixando coisas direto com o pacman ou com o AUR e quando necessario fazendo dentro de containers como é o caso do meu ambiente de dev que é um distrobox arch linux.