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Esses dias estava pensando justamente em separar meu ambiente de desenvolvimento depois que vi algumas postagens do Claude mexendo em arquivos que não deveria (mesmo configurado corretamente). Muito obrigado pelo comentário, talvez essa seja justamente a solução que eu estava procurando!

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Nunca me ocorreu do claude mexer onde não deve mas se tá preocupado com isso recomendo o ai-jail do Fábio Akita, o distrobox não ajuda tanto nisso afinal ele automaticamente dá acesso total ao teu filesystem de dentro do container justamente pra ter a integração, se quiser isolar melhor que isso tu subir um container com volumes apenas das pastas necessárias é melhor do que o distrobox.