Meus 2 cents,
Na epoca que trabalhei em fabrica de software a razao era: publicos diferentes.
Para fazer o lancamento em um sistema contabil cada documento precisava ser analisado e categorizado, e isso exigia que o contador (ou seu preposto) indicasse como proceder - nao era apenas uma questao de "digitar uma NF", mas tambem o medo constante de que um lancamento contabil errado virasse um problema fiscal.
O sistema contabil precisa de ferramentas para gerar o balanco patrimonial, calcular impostos complexos ou transmitir dados ao governo.
Como a legislacao tributaria e contabil brasileira muda muito, manter um modulo contabil atualizado exige uma energia/tempo absurdo e ter especialistas na area tributaria. Acaba sendo mais barato e eficiente focar em melhorar a experiencia do ERP do que programar regras de debito e credito contabil que mudam ao sabor do humor do ministro/secretario da fazenda de ocasiao.
O ERP eh funcao normal dentro da empresa, emitir nota, compras, RH, etc - mas a parte fiscal sempre teve uma "aura" de "se fizer merda, vai tomar multa".
Assim, trabalhar no ERP a exportacao de dados acaba tendo um custo/beneficio mais atraente (e na pratica mais usado).
Como pontuou o @cacatua, as normas tributarias sao um ninho de mafagafos - e alguem tem de "bater no peito" e assumir a responsabilidade.
Acho que todo contador deve ter uma assinatura do "IOB" ou semelhante - e para uma pessoa nao habituada ler esta publicacao eh um bocado complicado.
OBS: O RH tambem eh outra encrenca que tem particularidades e especificidades que empresas de menor porte preferem delegar ao contador fazer, justamente devido a sua complexidade juridica.
Digo por mim mesmo: prefiro pagar o contador e deixar ele se virar com os detalhes e posso me concentrar na operacao da empresa.
Entao, nao eh que exista um impedimento do ERP tambem cumprir as exigencias contabeis/fiscais - mas normalmente a empresa nao quer assumir este risco e delega.
Saude e Sucesso !
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