Mercado Pago tem 4 tipos de checkouts diferetes. Depende de qual você utilizou.
Como vc fez a implementação?
Em resposta a Preciso de ajuda com Mercado Pago
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O tipo de checkout é o transparente. Eu gostaria de customizar ou desativar se n for possivel a customizacao
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No checkout transparente você deve ter autonomia completa sobre como a cmunicação deve ser feita com o cliente. Veja na documentação da API se não tem uma opção para desativar os envios de emails