Cara, isso é uma ferida que sangra há décadas na indústria.

MD para PDF é o tipo de problema que parece trivial até você precisar que o header da página 3 tenha a logo da empresa alinhada à esquerda e o número da página à direita, com uma linha fina separando do conteúdo. Sim só o da página 3.
Aí você descobre o buraco é muito fundo!!!

Primeiro, o fato de não ser SaaS já me deixa 100% mais simpático ao projeto.

Agora, a pulga atrás da orelha, e aqui eu jogo meu viés de quem usa Pandoc todo dia e já sofreu com TeX até a alma:

O problema que vai explodir assim que alguém quiser:

• Cross-references ("conforme visto na página X", onde X é variável)
• TOC com números de página corretos (não aquele link clicável que só funciona no digital)
• Evitar viúvas e órfãs.

O Pandoc resolve isso com TeX, mas aí você entra no inferno de compilar templates e descobrir que mudar a fonte ou a margen exige um prompt ou stackoverflow.

Agora, se você conseguiu fazer um engine que lê CSS e gera PDF com box model de verdade, headers/footers com contadores de página, e cross-refs paginados funcionando... aí você tem ouro.

Literalmente. Porque hoje em dia ou você paga 400 dólares pro PrinceXML, ou você aceita que o PDF vai ter "cara de site impresso" e não "cara de documento técnico".

A sugestão que você não pediu mas vai ganhar anyway:

Não vire SaaS. Sério. Não adianta ter Stripe se você pode ter npm install -g typdocs (ou melhor, um binário single-file).

Se você conseguir fazer o que o Pandoc com TeX, mas com a DX de "edite esse style.css", você resolve um porblema ENORME (potencial de unicórnio).

Até lá, eu sigo aqui de makefile + docker image com pandoc + tex que pesa 4GB só pra gerar um relatório de 3 páginas rs.

Sucesso no projeto!