É a pergunta de 1 Bilhão de doláres.
A resposta do oleteros é precisa pq não existe um único motivo, foram um conjuções de fatores.
O "free beer" explica parte do sucesso, mas não explica tudo porque o BSD tbm era gratis.
Acho que teve muito do "free speech" também e a da GPLv2 que levou as grandes a apoiarem o Linux e não o BSD. Um exemplo que bate com a timeline foi a IBM que anunciou no final de 2000 que iria investir pesado no Linux. O que deu origem à alguns dos melhores comerciais de TV da época.
Além dos problemmas júricos entre a universidade de Berkeley e a AT&T na decada de 90 que colocam uma grande nuvem sobre o licenciamento do BSD.
Mas finalmente acho que o maior de tudo foi o modelo de desenvolvimento bazaar, que o Linus criou junto com o Git e o Linux (e essa é a sua grande contribuição para a computação, muito maior que o próprio Linux). Porque o GNU e BSD era de código aberto, mas seguiam um modelo de desenvolemnto fechado, feito por um núcleo de pessoa e quando estava pronto para release o código era disponibilizado, já o Linux sempre foi feito de forma comunitária e isso é muito diferente de ter apenas o código aberto.
E totalemnte não relacionado, mas fundamental foi também o dominio do x86 no mercado de servidores.