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É muito provável que eu tenha que criar um extrator específico para cada tipo de PDV, certo? Ou é possível criar um "modelo geral" onde eu apenas adapto dependendo do sistema de origem?

Sim, você vai precisar de um extrator para cada tipo de PDV. Você pode seguir um padrão (interface se for usar orientação a objeto), implementar os extratores e decidir qual usar durante a execução do software.
Se forem parecidos, um modelo geral fica mais fácil de adaptar, mas acredito que os modelos sejam diferentes.
Você vai precisar analisar os modelos e ver se dá para usar um modelo genérico com poucas adaptações a cada modelo.

Qual linguagem vocês recomendam para construir esse tipo de extrator de dados?

A que você domina. Não adianta eu vir aqui cagar regra e dizer tal linguagem é melhor.
Especificamente no meu caso, eu preferiria fazer em Java porque é a linguagem que eu mais domino e é boa para aplicações comerciais assim como aplicações PDV. Mas se você tiver que aprender Java do zero, só por causa disso, pode não ser uma boa ideia.

Mas você precisa ver as tecnologias que já domina. Onde essa aplicação vai rodar (local, na rede, ou na núvem)? Se for local, o sistema operacional é sempre o mesmo em todos os PDV's? Você vai desenvolver sozinho ou será em time? Performance vai ser um problema muito grande ou tudo bem gastar um pouco mais de memória/processamento?

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Obrigado pela resposta! Minha ideia seria esses extratores rodarem em cada caixa de pequenos supermercados onde vou implementar meu sistema para poder extrair as notas e envia-las para fazer uma análise de dados. Quando vou em mercados sempre reparo que os caixas tem sistemas operacionais diferentes, então é provável que o sistema vai variar dependendo do mercado onde eu for implementar. Acredito que as máquinas de caixa de supermercado,por serem mais fracas, o ideal seria não usar muito processamento. Vou desenvolver sozinho e apesar de conhecer algumas linguagens, a que mais tenho familiaridade é o Python. Se existir algum método de pegar essas informações pela internet com alguma API também, acredito que seria bem mais fácil do que ter que instalar esse extrator em máquina por máquina, porém não sei se dessa forma seria possível capturar todas as notas de venda de cada caixa

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Os XMLs de NFC-e devem ficar salvos em algum lugar (um diretório no computador ou num servidor). Não entendi exatamente o que você quer extrair.

Se já tem um cliente real, pode perguntar para ele e verificar.