Muito cedo para falar qualquer coisa, certo que sim muita coisa vai mudar, mas com certeza com o tempo, espero que em sua essencia o github não mude.
Um fato eu lembro, não sei se daria pra comprar, foi quando a Microsoft comprou o Minecrat, inicialmente não gerou muito impacto, mas hoje o game está bem melhor do que o original e nesse caso, ao meu ver, não degradou o produto, mas claro estou falando de um game, não de uma plataforma inteira como o github.

Espero que a Microsoft não estrague o github.