Na minha experiência atual, na empresa em que trabalho, desenvolvemos primeiro na dev e depois passamos para staging, que é uma réplica menor do ambiente de produção. Acho que isso resolveria os problemas que você citou, como diferenças de distribuições Linux, nomes diferentes de serviços, múltiplos IPs, ausência de WHM/cPanel em alguns servidores e acesso limitado do servidor de teste. Com um ambiente de staging bem configurado, seria possível testar todas essas variações sem precisar mexer diretamente em produção, mas concordo que no fim, o teste de fogo final sempre é na prod mesmo.