Vale a pena ser CLT, mesmo ganhando um salário menor do que se fosse PJ?

Olha, analista de suporte PJ normalmente (pode não ser seu u caso) que está ganhando é a empresa e não você. Porque digo isso? É um cargo que normalmente exige horário fixo, com pausas fixas etc, aí não é PJ mas sim CLT que a empresa não quer pagar imposto.
Como PJ você é uma empresa que foi contratada para entregar um determinado tipo de serviço cujo "tempo" é determinado. Empresa não vende horário fixo, vende um determinado serviço que pode ser feito a qualquer hora contando que seja feito. Claro que existem empresas como "telemarketing" que precisam garantir o horário, porém não a pessoa. Uma empresa pode romper o contrato com outra a qualquer momento, sem grandes consequências (salvo quando garantido em contrato, com cláusulas específicas sobre aviso prévio, multa etc).
CLT ganha "menos", na teoria. No fim do mês o que chega na sua conta é menos mesmo. Aí tem o 13, então você pega esse valor, divide por 12 e adiciona no valor do seu salário "mensal". Tem as férias, mesma coisa (PJ não tira férias, raros os casos, e se tira não ganha nada a mais). Tem o FGTS, não vem pro seu bolso, não é muito, mas tá lá, você precisa contabilizar de certa forma. Tem os benéficos em alguns casos, pode ou não valer a pena (vale alimentação alivia a compra de casa, plano de saúde te dá uma qualidade de vida melhor). Se tu ficar doente, sofrer um acidente, etc não vai morrer de fome, pode apertar mas não vai deixar de entrar dinheiro. PJ tu fica desamparado. Se perder o emprego e não for por justa causa, tem o seguro desemprego pra dar uma amenizada até achar outro.
PJ de verdade você pode ter 2, 3, 4 trampos se quiser, contando que de conta de entregar tudo no prazo e com qualidade. Pode resolver qualquer coisa durante o dia a hora que quiser. Se for MEI perde praticamente zero com imposto.
Agora, o que é melhor? Depende muito do seu perfil, se onde você quer chegar, da educação financeira que você tem, das reservas que consegue manter, do seu plano de carreira. Se onde você está não vai te levar a lugar nenhum, você não vai crescer mais, etc, de certa forma isso não é legal, Daqui um tempo vão olhar para seu currículo e avaliar como "porque continuou como suporte por tanto tempo?" Ou então você poderia estar já ganhando mais mas ficou parado no lugar, etc.
Pensa no hoje (afinal você tem contas para pagar), mas pensa também no amanhã (faz uma lista dos "e se acontecer isso") e escolhe quais riscos você e quais benefícios você tem em cada um e qual você valoriza mais ou está disposto a arriscar. Não tem resposta certa, isso dependente de você e sua esposa, como vocês querem planejar o futuro. Nada te impede de ter um trampo CLT e um contrato PJ tb em muitos casos (se você quiser dar uma acelerada na grana e estiver disposto a perder umas noites). Conheço muita gente da área de TI que dá isso.
Enfim amigo, não olha só pra grana imediata, olha pro teu futuro, que pode ser CLT ou PJ mesmo, mas que seja olhando o todo da tua vida. É quanto as vagas, empresa escolhe mas você também pode escolher, não é porque se candidatou a uma vaga que é obrigado a aceitar se não é o que você espera. Escolhe umas, tenta se candidatar, tenta mandar em vaga mais alta do que você tem hoje, vê os benefícios, vê se se sente seguro e troca quando achar que faz sentido para você e a família que está construindo.

será que vale a pena ser CLT, mesmo ganhando um salário menor do que se fosse PJ?

Menor quanto?

25%? -> CLT
1k? -> CLT

agora vai ganhar o dobro? 5k a mais? PJ

Cara, acho q primeiro vc tem q pensar: vc quer cuidar das suas finanças ou deixar o governo cuidar pra vc? Outra coisa q vc tem q pensar, vc está querendo ganhar por venda de horas ou por metas?

No fundo os 2 tem vantagens e desvantagens.

O CLT ele é mais voltado para aquela pessoa q quer a tal "segurança", pois é o q ela dá. Seguro desemprego e FGTS, 13o no final do ano (pesquise mais q seria isso), férias remuneradas, talvez os vales (alim, refei, transp), plano-saude, PLR, valor ganho no INSS pode ser maior q de um PJ. Sendo q alguns deles dependerá mto o q a empresa irá querer oferecer, pq não é tudo, só estou listando o q pode aparecer, alguns são obrigatórios, outros não.
O ruim do CLT é q o FGTS é totalmente controlado pelo governo, ou seja, o dinheiro q era pra ser seu não é, e não rende mto. A super-dependência da sua aposentadoria no INSS (a não ser q vc invista por fora). Ali vc está vendendo horas trabalhadas e não metas. Então vc terá q ficar 5x2 (ou dependendo da empresa terá outros tipos) batendo cartão.

O PJ é mais voltado pra quem quer o controle financeiro. Ele terá um ganho bem maior, e tbm dá total independência no estilo de trabalho, já q o foco pra quem é PJ é q vc estará trabalhando por metas e não por horas. Se estiver trabalhando por horas, bem... decida por si msm.
Mas tbm não é lá grande coisa ser PJ, pois vc não tem a maioria das coisas q tem no CLT. As desvantagens são q vc terá q fazer sua própria aposentadoria, msm sendo obrigatório a contribuir pro INSS (e ganhará menos dependendo de qnto contribuir), tem q contratar contador se for ME (MEI não precisa), a maioria dos bonus tem q ser negociado com a empresa, tem q ficar gerando notas fiscais (já q vc é contratado como uma empresa).

E normalmente pra quem ganha menos, eu vou chutar abaixo de 5mil (não é esse valor, apenas para exemplo), o ideal é ser CLT, se for acima o ideal é ser PJ. Pq pra PJ, vc tem q ganhar bte pra conseguir compensar o bonus q é ganho na CLT. Depois entra na pesquisa salarial do código fonte tv q lá tem uns dados bons de comparações da área de TI, mas não sei se tem bte dados para analista de suporte, porém dá uma olhada, não custa ver.

Eu só dei uma resumida do q sei. Ai vc terá q ver o q vc quer, liberdade vs segurança. Pq no fundo os 2 tem vantagens e desvantagens. Tem q ver o q cabe mais na sua vida.

Eu por exemplo, decidi pelo PJ, pq tenho liberdade total, não fico 8h por dia trampando, eu faço o q tenho q fazer. Ai vou fazer outras coisas: seja projetos, seja coçar saco, seja sair de casa pra resolver alguma coisa. Porém não ganho o quanto queria, mas pela empresa a qm presto serviço ser ótimo pra trabalhar, eu decidi manter com eles (e eles tbm me querem trampando lá). Msm assim não deixo de fazer outros projetos e achar outras formas de ganhar dinheiro.
Só q em contrapartida, tenho q cuidar completamente da minha aposentadoria e meus custos. E pelo menos isso pra mim é um bonus, já q não confio no gerenciamento do governo. Assim eu aplico o dinheiro e faço meus investimentos para não deixar o dinheiro apodrecendo nas mãos do governo. E tenho total ciência q se ficar doente... ferrou pra mim, ahahaha. Por isso tbm tenho q cuidar da minha saúde.

Bom, espero ter dado pelo menos uma ideia do cenário pra tu decidir o q quer fazer. Boa sorte ai e lembre q no final o q vc tem q buscar é o q é melhor pra ti, pq tu vai dar na msm, o q só muda no final é o jeito de lidar com as coisas.

Isso tudo é uma questão muito pessoal, mas sendo pragmático, se for para ser PJ só no papel e ter todas as obrigações de CLT, então só está sendo vantagem mesmo para a empresa.