Nesse momento recomendo fortemente contratar um contador. Já q vc é obrigatório ter um contador com ME, então já peça pra ele uma explicação de como funciona e como será feito essa transição e já deixar tudo de acordo pra não ter problemas depois.
Outra coisa q recomendo é procurar um contador da sua cidade. Não sei como está a situação atual, pois eu deixo nas mãos do contador, mas ele fará tudo essa parte burocrática q tem com a prefeitura e documentações, por isso é o mais recomendado.
E não deixe pra última hora, pq governo não perdoa.