BOm vou dar minha opinião como PJ. Cada um segue um caminho, então eu não represento o melhor ou a verdade, certo?

• MEI ou LTDA?
  Se tu quiser ter sua mente livre de possíveis problemas com governo já vá de LTDA/EI/SLU (não que irá ter problemas com MEI, pois tem mtas pessoas MEIs q estão de boa, mas é um risco de desenquadramento e multa). Caso contrário caso vc priorize seu ganho financeiro, então vá de MEI. Não assumo nenhum BO pelas suas escolhas.

• Simples Nacional?
  Depende de qnto tu vai ganhar, mas de início é o recomendado, pq duvido q vc ganhe nesse início mais de 4,8kk por ano.

• CNAE ideal para desenvolvedor?
  Para MEI, vc pesquise, não incentivo isso.
  Para ME, via ChatGPT:

  CNAEs mais usados para desenvolvedor de software:
  6201-5/01 – Desenvolvimento de programas de computador sob encomenda
  6201-5/02 – Desenvolvimento de programas de computador customizáveis (software próprio / SaaS)
  6202-3/00 – Desenvolvimento e licenciamento de programas de computador não customizáveis
  6209-1/00 – Suporte técnico, manutenção e serviços em TI

  Lembrando dentro do ME tem LTDA, SLU e EI. (talvez possa estar errando nessa informação, é bom consultar um contador).

• Contabilidade online vale a pena?
  Nunca usei, mas até onde soube pelos outros, não.
  Eu recomendo contador físico, e de prioridade da sua cidade e focado em desenvolvedores de softwares.

• Quais taxas eu realmente vou pagar?
  Para MEI, DAS fixo mensal (INSS e ISS).
  Para outros, essa parte é mais chata, pois depende do Anexo. Tem Anexo III, Anexo V, e outros. Tbm paga INSS, taxas de abertura de empresa, é obrigatório pagar contador. (e eu por exemplo tbm tenho q pagar um software para gerar o NFSe). Esse vc pode perguntar pra um contador q ele irá explicar bemmmm melhor, pq a coisa é loka.

• Como manter tudo regular sem dor de cabeça?
  Seja LTDA/SLU/EI com simples nacional, pague contador e ele resolve tudo pra vc. Vai ganhar bem menos, mas é o preço de estar regulado e correto. Não existe essa de querer ganhar mais estando regulado. Ou é um, ou é outro. É o preço de ser brasileiro e ter um governo (independente de lado político) q pensam mais nos bolsos deles ao invés de ser justos com todos.

De resto, como disse em algum momento, o melhor caminho primeiro é achar um contador em sua cidade, de preferencial vá conhecer ele e peça pra ele tirar todas suas dúvidas.

Tbm vc pode pesquisar aqui no TabNews q tem posts e comentários sobre o assunto.