Não tenho conclusão fechada. Mas tô convencido de que essa separação não é técnica, é histórica. Alguém aqui da área contábil ou de software fiscal pensa diferente? Curioso pra ouvir outras visões.
Complexidades e domínios diferentes, quase toda tentativa de mesclar esses dois "mundos" sob uma só plataforma vai ir inevitavelmente simplificar um domínio em detrimento ao outro. Não é uma coisa apenas de ERP e Contábil, você pode ver isso também entre ERP e CRM, ERP e WMS, WMS e TMS, TMS e YMS....