Te entendo bem.
Estou na mesma situação, mas aqui na minha software house estamos fazendo o seguinte:
Mantendo o software legado e criando novos softwares para serem alternativas ao legado e futuramente substituir ele.
Nosso ERP desktop funciona desde 2009+- e tem recebido atualizações, está funcionando e vai continuar por um bom tempo, mas não atende a alguns requisitos dos novos clientes que é ser web/mobile.
Temos clientes hoje que não querem partir para um software web, querem continuar com o desktop em rede. Para estes clientes vamos continuar atendendo, mas para os novos estamos desenvolvendo um software web com os mesmos recursos e até mais que o legado. Desta forma vamos ter duas soluções parecidas para públicos alvo diferente.
Você deveria pensar em fazer algo parecido.