Meus 2 cents,
Bem vindo, puxa uma cadeira e sinta-se a vontade.
Em teoria, se voce tem relacao comercial com um terceiro (fornecendo um servico, como eh o caso do SaaS) - eh necessario formalizar isso.
Abrir um CNPJ eh uma das formas de fazer isso - o detalhe eh que em teoria nao pode ser MEI (depende do CNAE), o que implica em um pouco mais de burocracia.
Novamente, em teoria, a emissao de RPA (recibo pagto autonomo) seria uma opcao (numa zona bem cinza aqui).
Dito tudo isso - na pratica: nao vejo (quase) ninguem emitindo NF pelo SaaS. O dev coloca a plataforma no ar, ve se ganha tracao e depois analisa como formalizar.
Nao me parece a melhor opcao, mas enfim eh o que vejo no dia-a-dia.
O problema eh: com as ferramentas da receita federal se aperfeicoando, ao comecar a movimentar financeiramente isso vai levantar uma sinalizacao, e quando voce for declarar o IR pode ter alguns problemas.
Minha recomendacao: procure o SEBRAE da tua regiao - eles tem atendimento gratuito para orientacao especializada nestes casos. Outra opcao seria consultar um contador com experiencia em empresas de prestacao de servicos de informatica.
Saude e Sucesso !