"acarreta em problema ?"

Depende do tipo de problema que voce quer evitar.

Toda a movimentacao via PIX registra a origem e o destinatario - e as ferramentas da Receita Federal fazem este tipo de analise, cruzando informacoes.

Eh dificil dizer ate onde estes sistemas estao avancando em suas analises - mas uma coisa que chama a atencao eh volume. Por exemplo existem regras especificas que regulam ME, MEI, EPP - baseados no faturamento e sao automaticas (se passar de R$ 360k/ano - aprox 30K mes - ja sai de ME e passa a EPP e muda algumas coisas).

Novamente, o SEBRAE possui especialistas que podem orientar (de gratis) sobre como proceder. Eles nao vao dizer como burlar as regras - isso quem vai orientar eh o contador (e esse sim vai cobrar por isso).

Minha sugestao eh: vai no SEBRAE para entender pelo menos de modo geral as regras que voce vai precisar seguir (detalhe, CNPJ eh apenas 1 delas, tem inscricao na junta comercial do estado, incricao no municipio - entre outras coisas, dependendo do enquadramento da empresa que voce esta abrindo).

Depois de entender o que eh "correto" ai vai no contador e peca para ele explicar o que pode ser feito (RPA ?) e os problemas possiveis em cada situacao - e ai voce ve quais os riscos que esta disposto a correr.

Todo mundo que lanca SaaS faz esta peregrinacao ? Nao, nada impede esquecer tudo isso e so lancar, receber PIX no CPF, nao emitir NF e ser apenas reativo emitindo RPA quando alguem pedir (isso se alguem pedir).

Ou entao criar a empresa com CNAE que permite MEI (p.ex. instrutor), e emitir a NF do seu SaaS (quando e se alguem pedir) como "orientacao e apoio sobre o uso do sistema" ou algo assim. Vai dar problema ? - converse com o SEBRAE e/ou contador sobre os riscos.

Mas como os outros estao fazendo ? Cara, de boa, o que os outros fazem eh problema deles, o que voce fizer vai ser no teu fiofó que a gaita vai tocar. Invista um tempinho em entender os riscos para saber ate onde voce acha viavel ficar descoberto.

Saude e Sucesso !