Não sei quanto à ciência de dados, darei minha opinião sobre o desenvolvimento:

Tudo tudo no WSL. Não vale a pena ter partes no windows e partes no wsl, fica muito lento

Como vocês lidam com integração com arquivos — trabalham só no sistema de arquivos do Linux?

De quantos arquivos estamos falando? Se for muitos fica lento, se for poucos é imperceptível.

Alguma dica de otimização

No explorer acesse a pasta %USERPROFILE% e crie o arquivo .wslconfig e coloque o seguinte:

[wsl2]
memory=16GB
swap=0

[experimental]
sparseVhd=true

Memória: até metade do seu sistema. sem essa instrução a wsl irá consumir toda a memória do pc, já tive muita tela azul por causa disso

swap: prefiro desativar, o sistema fica muito lento

sparseVhd: Isso vai te ajudar a diminuir o tamanho do disco virtual criado de tempos em tempos (você vai precisar fazer a diminuição regularmente, a wsl consome todo o disco do PC)

salve este link nos favoritos (você vai precisar regularmente) e execute o comando do diskpart

select vdisk file="...."
attach vdisk readonly
compact vdisk
detach vdisk

quando o armazenamento tiver mais de 100GB