Valeu, ótimas dicas! Acabei indo pelo filtro de exclusão no preset (store/*, *.jpg, *.psd), e o .gdignore eu não conhecia, vou usar na pasta de referências.

Um cuidado sobre exportar só as cenas selecionadas, que descobri olhando meu projeto: no meu caso não daria certo. Os ícones dos upgrades e as artes dos capítulos são carregados por código a partir de uma string (load("res://assets/...") vindo de uma tabela de dados), e não por uma cena. O Godot não enxerga essa dependência, então esses arquivos ficariam de fora e o jogo quebraria só no celular. Quem carrega recurso dinamicamente precisa listar essas pastas no filtro de inclusão.

No fim deixei as duas coisas: o filtro no preset e o hábito de abrir o AAB antes de enviar, porque foi ali que eu vi o problema de verdade.